Dopo le prime analisi i ricercatori hanno selezionato le ossa compatibili I resti scheletrici recuperati a più riprese dalla cripta della chiesetta dell'attuale cimitero di Porto Ercole (verosimilmente quelli riesumati nel 1956 dal vecchio cimitero di San Sebastiano dove nel 1610 dovrebbe essere stato sepolto anche il Caravaggio), sono stati sottoposti ad analisi anatomiche e antropologiche presso il Laboratorio di Antropologia del Dipartimento di Beni Culturali dell'Università di Bologna (sede di Ravenna) dall'équipe coordinata dal prof. Giorgio Gruppioni. Gli esami finora eseguiti hanno appurato che essi sono attribuibili ad almeno 17 individui. Di questi 3 appartengono ad individui preadulti o giovanili di età certamente inferiore a quella di morte del pittore. Dei 14 individui adulti, 9 mostrano caratteri sessuali, grado di robustezza e statura compatibili con il Caravaggio. Su questi ultimi sono in corso analisi archeometriche e istologiche per accertare l'epoca e l'età di morte nonché la eventuale presenza di elementi da correlare con l'impiego dei pigmenti di cui il pittore faceva uso. Il presidente del comitato Silvano Vinceti ha dichiarato: «I resti ossei su cui verranno realizzate le ulteriori ricerche rispondono ai dati storici di cui disponiamo. Il piccolo cimitero che ospitava i resti mortali dell'ospitale di S. Maria Ausiliatrice della Confraternita di S.Croce iniziò la sua mesta funzione nel 1590; il Caravaggio dovrebbe essere stato il 32esimo e quindi collocato nella parte più bassa del cimitero medesimo. La sepoltura avveniva secondo la tecnica della lisca di pesce, cioè per via orizzontale e procedendo per strati successivi. Il cimitero cessò di funzionare nei primi anni del 1800. Altro indizio che i resti selezionati siano quelli più vecchi, e presenti nello strato più basso del cimitero, ci viene da un primo esame empirico della composizione del terriccio, povero degli elementi organici tipici del terreno più profondo».