I lavori in piazza Vittorio Emanuele iniziarono nel settembre del 2003 e sarebbero dovuti finire due anni dopo. Viabilità stravolta, posti auto e un polmone verde in pieno centro sottratti alla città: per due anni si sarebbero dovuti sopportare i disagi, in cambio Pisa avrebbe avuto 385 posti auto in più. Invece sono slittate una dietro l'altra più di un paio di date per la consegna del parcheggio fino ad arrivare ad oggi: 5 anni in più rispetto al progetto iniziale. E chi pagherà per i disagi e i tempi non rispettati? L'ex sindaco Fontanelli nel gennaio 2008 aveva avviato le procedure per farsi pagare 400mila euro a mo' di risarcimento per la città. Ma i costi di realizzazione del parcheggio sono maggiori di quelli previsti e i tempi si sono allungati a causa di infiltrazioni d'acqua, per il ritrovamento di vari reperti archeologici che hanno richiesto l'intervento della soprintendenza, dei reperti bellici da bonificare e per lo spostamento dei sottoservizi. I ritardi dovuti a questi motivi non sono infatti imputabili alla ditta Saba Italia. Il progetto iniziale ha subito molte modifiche, ha dovuto rispettare i nuovi vincoli dettati dalla Soprintendenza e dalle infiltrazioni. Le infiltrazioni d'acqua hanno obbligato a rinunciare a un piano del parcheggio, facendo perdere 100 posti auto, mentre i vincoli archeologici hanno fatto rinunciare a un'altra ventina di posti per piano. Tutto ciò si ripercuoterà anche sul numero, un terzo del totale, e sul prezzo delle piazzole che era stato stabilito di dare in concessione ai privati. I conti vanno rifatti alla luce di queste novità.