II Museo Diocesano nasce come emanazione della Diocesi ambrosiana, della quale esprime il riflesso nell'arte e soprattutto l'identità storica ed ecclesiale. Il Museo conserva e promuove i preziosi beni artistici della Diocesi, valorizzandone il significato storico e religioso: l'incontro con la bellezza delle opere d'arte assume in questo contesto un'importanza nuova e densa di significato. La prima idea per il Museo Diocesano risale al 1931, quando il Beato Ildefonso Schuster, Arcivescovo di Milano, indirizza al clero una lettera intitolata «Per l'arte sacra e per un museo diocesano», in cui incoraggia la nascita di un'istituzione specificamente dedicata a promuovere e raffinare l'amore per l'arte presso «le persone a Dio dedicate» e al tempo stesso volta ad impedire la dilapidazione del cospicuo patrimonio artistico della Diocesi. Il suggerimento fu accolto solamente nel 1960 quando il cardinale Giovanni Battista Montini stipula un accordo fra la Curia e il Comune di Milano in cui si prevede la ristrutturazione a spese dell'Opera diocesana per la Preservazione e la Diffusione della fede, dei Chiostri di Sant'Eustorgio, indicati come sede del nuovo Museo. Di fatto questa convenzione non viene ratificata e le iniziative rimangono sospese fino agli anni Ottanta: solo allora il cardinale Carlo Maria Martini avvia il progetto di ricostruzione e riadattamento dei chiostri, affidato allo studio Belgioioso. Nel 1994 la Fondazione Sant'Ambrogio è incaricata della costituzione e della gestione del Museo che ospita nel marzo 1998 la sua prima mostra dedicata all'iconografia di sant'Ambrogio. L'inaugurazione ufficiale e l'apertura al pubblico delle collezioni permanenti avviene il 5 novembre 2001, La Fondazione è un ente ecclesiastico il cui consiglio è nominato direttamente dall'Arcivescovo di Milano, che sceglie anche il presidente. Attualmente è presidente monsignor Luigi Crivelli, responsabile anche dell'Ufficio dei Beni Culturali della Curia Arcivescovile, mentre i consiglieri sono Francesco Baggi Sisini, Mario Brianza, Enrico Lainati; del Consiglio della Fondazione è inoltre membro di diritto il Prefetto della Veneranda Biblioteca Ambrosiana, che attualmente è monsignor Gianfranco Ravasi. Il direttore del Museo Diocesano è il professor Paolo Biscottini, La collezione del Museo Diocesano comprende circa 320 opere, suddivise in dieci sezioni fondamentali. È inoltre previsto l'inserimento delle opere del Novecento, oggi assenti dall'esposizione per mancanza di spazi idonei, nonostante il Museo già possieda importanti opere di artisti del XX secolo.